也许，他得出的最后结论是，这一派学说对于政治并不能产生领导作用。也有人指斥张居正因为要避免学术上的歧异而施用政治上的迫害，最显著的例子是把泰州学派中的佼佼者何心隐置于死地，但李贽则力为辩护，认为何心隐之死与张居正无关。
然则，张居正用什么样的理论来支持自己的胆识和行动？他的施政方针，即便不算偏激，但是要把它付之实现，必须在组织上作部分的调整和改革。而文官集团所奉行的原则，却是严守成宪和社会习惯，遏制个人的特长，以保持政府和社会的整体均衡。张居正在理论上找不到更好的学说，就只能以自己的一身挺立于合理和合法之间，经受来自两方面的压力。他声称已身不复为己有，愿意充当铺地的席子，任人践踏以至尿溺，这正和李贽所说不顾凡夫俗子的浅薄批评相似。张居正写给李元阳的信，引用了《华严悲智偈》中的“如入火聚，得清凉门”两句偈语，也就是说一当自己把名誉的全毁置之度外，就如同在烈火之中找到了清凉的门径。这显然又是心学派的解释：对于客观环境，把它看成烈焰则为烈焰，看成清凉则为清凉。
张居正在政治上找不到出路，其情形类似于李贽在哲学上找不到出路。创造一种哲学思想比较容易，因为它是哲学家个人意识活动的产物。但是宣布一种政治思想，以之作为治国的原则，其后果则为立竿见影，它必须在技术上符合现状，才能推行无碍。在本朝的社会中，儒家的仁，类似于宪法的理论基础。全国的读书人相信性善，则他们首先就应该抑制个人的欲望，不去强调个人的权利。扩而大之，他们一旦位列封疆或者职居显要，也就不能强调本地区、本部门的特权。例如东南各省本来可以由海外贸易而获大利，但由于顾全大体，没有坚持这种特别的经济利益，就得以保持全国政治的均衡。在这种以公众利益为前提的条件下，政府中枢才有可能统一管理全国，而无须考虑各地区、各部门以及各个人的特殊需要。这是一种笼统的办法，也是一种技术上简陋和没有出息的办法。
在本书的前面几章中曾不止一处的提到，我们的帝国是由几百万个农村聚合而成的社会。数以千万计的农民不能读书识字，全赖乎士绅的领导，村长里甲的督促，他们才会按照规定纳税服役。在法律面前，他们享有名义上的平等，而实际上，他们的得失甚至生死，却常常不决定于真凭实据而决定于审判官的一念之间。本朝的法律也没有维持商业信用、保障商业合同的规定，以此国际贸易无法开放，否则就会引起无法解决的纠纷。各地区按照其特殊需要而立法，更不能受到鼓励，因为会酿成分裂的局面。至于在文官集团内部，也无法通过组织系统集中这两万人的意见，必须假借谐音讽喻、匿名揭帖以及讨论马尾巴等等离奇的方法，混合阴阳，使大家在半信半疑之间渐趋统一。以上种种情况，在长时期里造成了法律和道德的脱节。治理如此庞大的帝国，不依靠公正而周详的法律，就势必依靠道德的信条。而当信条僵化而越来越失去它的实用价值，沦于半瘫痪状态中的法律也当然无法填补这种缺陷。
如果本朝的统治者感到了此路不通，企图改弦易辙，则必然会导致社会成员以自存自利为目的，天赋人权的学说又必然如影随形地兴起，整个社会就将遭到根本性的冲击。但是这种局面，在欧洲的小国里，也要在几百年之后，等市民阶级的力量成熟，才会出现，张居正和李贽正不必为此而焦虑。事实上，他们也不可能看得如此长远，他们企盼的自由，只是优秀分子或者是杰出的大政治家不受习俗限制的自由。
张居正是政治家，李贽是哲学家，他们同样追求自由，有志于改革和创造，又同样为时代所扼止。李贽近于马基雅弗利，但是他的环境不容许他像霍布斯洛克一样，从个人主义和唯物主义出发构成一个新的理论体系。他察觉到自己有自私自利的一面，别人也是如此，但他不能放弃孔子所提倡的仁。这样，他只好在形而上学中找到安慰——世间的矛盾，在“道”的范畴中得到调和而且消失。这在心学中也有类似的理论，即至善则无形，至善之境就是无善无不善。
这样的唯心主义已经带上了神秘的色彩，很难成为分析历史现象的有效工具。而另一方面，他思想中唯物主义的部分也并不彻底。这使李贽不可能从根本放弃以伦理道德为标准的历史观，因之自相矛盾的评论随时会在他笔下出现。比如他赞成寡妇守节殉夫，但对卓文君的私奔，又说是“归风求凰，安可诬也”。他斥责王莽、张角，但又原谅了很多历史人物，有如五代史中的冯道。这些人物的所作所为和当时的道德规范不相符合，李贽认为情有可原。因为，从长远来看，他们为国家人民带来了更多的利益。这些以远见卓识指导自己行动的人物，足以称为“上人”，而李贽自己能作出这种评论，则成了“上人”之上的“上上人”。
这些在理论上缺乏系统性的观点，集中在他编订的《藏书》之中。李贽对这部书自视甚高，称之为“万世治平之书，经筵当以进读，科场当以选士，非漫然也”，并且预言“千百世后”，此书必行。他认识到，他的观点不能见穿于他所处的社会，然而这个社会需要如何改造才能承认他的观点，在书中却不着一字。在今天的读者看来，他心目中的“千百世后”，皇帝仍然出席经筵，科场仍然根据官方所接受的历史观取士，则仍为一个矫饰的社会。
1601年初春，芝佛院被一场人为的火灾烧得四大皆空。据说纵火者乃是当地官吏和缙绅所指使的无赖。这一案情的真相始终未能水落石出，但却肯定与下面的一个重要情节有所关联。
李贽在麻城的支持者梅家，是当地数一数二的大户，家族中的代表人物梅国桢又正掌理西北军事。梅国桢有一个孀居的女儿梅澹然曾拜李贽为师，梅家的其他女眷也和李贽有所接触。这种超越习俗的行动，在当时男女授受不亲的上层社会里，自然引起了众人的侧目而视。但是李贽对舆论不加理睬，反而毫无顾忌地对澹然和她的妯娌大加称赞。他和她们往来通信，探讨学问。他著作中所提到的“澹然大师”、“澄然”、“明因”、“善因菩萨”等等，就是这几位女士。他说：“梅澹然是出世丈夫，虽是女身，男子未易及之。”又说：“此间澹然固奇，善因、明因等又奇，真出世丈夫也。他在著作中，理直气壮地辩解自己和她们的交往完全合于礼法，毫无“男女混杂”之嫌，但是又不伦不类地写下了“山居野处，鹿系犹以为嬉，何况人乎”这些话。他把澹然比为观世音，并把和这几位女士谈论佛学的文稿刊刻，题为《观音问》。他还有一首题“绣佛精舍”的诗：“闻说澹然此日生，澹然此日却为僧。僧宝世间犹时有，佛宝今看绣佛灯。可笑成男月上女，大惊小怪称奇事。陡然不见舍利佛，男身衰隐知谁是？我劝世人莫浪猜，绣佛精舍是天台。天欲散花愁汝着，龙女成佛今又来！”
写作这些诗文函件的时候，李贽已年近七十，而且不断声称自己正直无邪，但是这些文字中所流露的挑战性，无疑为流俗和舆论所不能容忍。反对者举出十余年前李贽狎妓和出入于孀妇卧室的情节，证明他的行止不端具有一贯性；对这种伤风败俗的举动，圣人之徒都应该呜鼓而攻之。
事情还有更为深刻和错综的内容。李贽的这种行动，在当时的高级官僚看来，可以视为怪僻而不必和公共道德相联系。但下级地方官则不能漠然置之。因为他们负责基层的行政机构，和当地绅士密切配合，以传统思想作为社会风气的准则，教化子民。他们的考成也以此为根据。李贽的言行既然有关风化，也就是和官僚绅士的切身利益有关。然而如果把问题仅仅停留在这一点上，也还是皮相之谈。因为对官僚绅士自己来说，行为不检甚至涉及淫乱，本来是所在多有，毫不足怪。如果他们本人不事声张，旁人也可以心照不宣。李贽究竟无邪还是有邪，可以放在一边不管，关键在于他那毫无忌惮的态度。他公然把这些可以惹事生非的情节著为文字，而且刊刻流传，这就等于对社会公开挑战，其遭到还击也为必然。而且，他的声名愈大，挑战性就愈强烈，地方官和绅士也愈不能容忍，对他进行惩罚已属责无旁贷。这些人雇佣地痞打手焚烧芝佛院，行为可谓卑劣怯弱，但在他们自己看来，则属于卫道。
这次事件已经早有前兆。5年之前，即1596年，有一位姓史的道台就想驱逐李贽。仅仅因为李贽的朋友很多，而且大多是上层人物，这位道台才不敢造次，只是放出风声要对他依法处理。李贽对这种恐吓置若罔闻，于是史道台又声称芝佛院的创建没有经过官方批准，理应拆毁，李贽答辩说，芝佛院的性质属于私人佛堂，其创建“又是十方尊贵大人布施俸金，盖以供佛，为国祈福者”。答辩既合情合理，再加上知名人士从中疏通，这位道台没有再别生枝节，而李贽则自动作了一次长途旅行，离开麻城前后约计4年。他在山西访刘东星，登长城，然后买舟由大运河南返，在南京刊刻《焚书》，1600年又回到芝佛院。这次招摇的旅行使当地官绅更为痛心疾首，而尤其糟糕的是，他居然在给梅澹然的信上说麻城是他的葬身之地。是可忍，孰不可忍，官绅们既想不出更好的办法，只好一把火烧了他的栖身之地。
